勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時間、休暇、残業、休憩などの勤務状況を管理・記録するためのシステムです。（参考：【2026年版/比較表つき】勤怠管理システムおすすめ45選を比較！選び方も紹介）
このシステムを活用することで、企業は従業員の労働時間や勤務状況を効率的に把握できるようになります。
ただ、企業規模によって適した勤怠管理システムは異なるため、選び方はとても重要となります。
今回は、中小企業におすすめの勤怠管理システムと、選び方のポイントを紹介します。
特に注目度の高い15社については、表形式で料金や機能の違いが比較できる一覧表をご用意していますので、以下よりぜひダウンロードしてご活用ください。
おすすめサービスのピックアップ方法としては、既存のまとめサイト10個分の情報から、紹介されている中小企業向けの勤怠管理システムをスコアリングしました。各サイトで紹介頻度の高いものを登場回数順にまとめなおしているので、本記事を参考にすることで、どの中小企業向けの勤怠管理システムを選べばいいか一目でわかるでしょう。
※スコアリングや掲載している企業情報などは2026年3月時点のものです。
＜比較表＞中小企業向け勤怠管理システムおすすめ15社
本記事で紹介している15社の違いがひと目でわかる一覧表をご用意しました。短時間でサービスの比較をしていただけます。
1.マネーフォワード クラウド勤怠／株式会社マネーフォワード
無料で試せる勤怠管理システム – マネーフォワード クラウド勤怠
- 自社給与ソフトと自動連携し、勤怠データの入力を完全自動化。
- アラート機能で36協定の上限規制をリアルタイムで監視。
- 法改正に伴う自動アップデート。常に最新の法制度を遵守。
| 初期費用 | 要問い合わせ |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 ひとり法人プラン（経営者1人）：3,980円/月～ |
| 無料トライアル | ○※1ヶ月 |
| 主な機能 | 集計自動化、休暇、シフトなど |
| 給与システムAPI連携 | MFクラウド給与と自動連携 |
| シフト・有休管理 | 自動付与・残数管理に対応 |
| 導入企業 | メーカーズシャツ鎌倉株式会社 株式会社グラッドキューブ ニューコ・ワン株式会社 など |
| 導入社数 | 要問い合わせ |
2.ジンジャー勤怠／jinjer株式会社
クラウド型勤怠管理システム「ジンジャー勤怠」｜jinjer株式会社
- 最大10段階の柔軟な承認フロー設定で、複雑な組織構造に対応。
- 予実管理機能により、月中の実績から月末の着地予想を把握。
- 他店舗へのヘルプ依頼機能。サービス業特有のシフト調整も柔軟。
| 初期費用 | 要問い合わせ |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 1人：300円/月 |
| 無料トライアル | ○ |
| 主な機能 | 自動集計、アラート、予実管理など |
| 給与システムAPI連携 | ジンジャー給与とスムーズに連携 |
| シフト・有休管理 | シフト申請承認、有休自動付与 |
| 導入企業 | JR九州ビジネスパートナーズ株式会社 株式会社PLAYBASE 株式会社日本電商 など |
| 導入社数 | 要問い合わせ |
3.KING OF TIME／株式会社ヒューマンテクノロジーズ
勤怠管理・人事給与システム市場シェアNo.1 KING OF TIME（キングオブタイム）
- 市場シェアNO.1の実績と信頼性。あらゆる就業規則を網羅。
- 生体認証やICカードなど、職場に合わせた多様なデバイス選択。
- PCログとの照合機能。自己申告と実際の稼働時間の乖離を可視化。
| 初期費用 | 0円 |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 1人：300円/月 |
| 無料トライアル | ○※30日 |
| 主な機能 | リアルタイム集計、申請承認WFなど |
| 給与システムAPI連携 | 主要ソフトとAPIによるシームレス連携 |
| シフト・有休管理 | 複雑なシフト作成にも対応 |
| 導入企業 | 株式会社CMGホールディングス 株式会社ファクトリージャパングループ 日本パーキング株式会社 など |
| 導入社数 | 67,000社以上 |
4.ジョブカン勤怠管理／株式会社DONUTS
- 初期費用・月額固定費0円から開始でき、コスト面が非常に優秀。
- PC、スマホ、LINE、Slack等、慣れたツールで打刻可能。
- IT導入補助金対象。認定ツール活用で、導入費用を大幅に抑制。
| 初期費用 | 0円 |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金：要問い合わせ ※単独利用：200円/人〜 |
| 無料トライアル | ○ |
| 主な機能 | 出勤管理、シフト、休暇、工数など |
| 給与システムAPI連携 | 要問い合わせ |
| シフト・有休管理 | シフト管理、休暇・申請管理 |
| 導入企業 | 株式会社ラックバッググループ 株式会社マスヤ JA全農たまご株式会社 など |
| 導入社数 | シリーズ累計300,000社以上 |
5.ハーモス勤怠／株式会社ビズリーチ
- 30名以下の少人数なら無料プランを期間制限なしで利用可能。
- SlackやLINEとの連携。チャット画面から離れずに即座に打刻。
- 直感的なインターフェース。マニュアル不要の操作性を実現。
| 初期費用 | 0円 |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 1人：100円/月〜 ※31名以上利用の場合 |
| 無料トライアル | ○※30名以下なら無料継続可 |
| 主な機能 | アラート、レポート、Web給与明細など |
| 給与システムAPI連携 | 人事労務・給与システムとの連携可能 |
| シフト・有休管理 | 有料プランで有休自動付与 |
| 導入企業 | 清水建設株式会社 株式会社マネーフォワード 株式会社サイバーエージェント など |
| 導入社数 | 累計100,000社以上 |
6.CLOUZA／アマノビジネスソリューションズ株式会社
勤怠管理クラウドサービス「CLOUZA」 | アマノビジネスソリューションズ
- アマノのノウハウを凝縮した集計エンジンで、正確な管理を実現。
- スマートフォンGPS打刻に対応。外回りやテレワークを可視化。
- 主要な給与ソフトとの連携実績が豊富。スムーズなデータ移行。
| 初期費用 | 要問い合わせ |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 1人：200円/月×打刻人数 |
| 無料トライアル | ○ |
| 主な機能 | 勤怠集計、各種申請承認、有休管理など |
| 給与システムAPI連携 | 主要な給与ソフトと連携可能 |
| シフト・有休管理 | 有休管理、シフト管理に対応 |
| 導入企業 | 株式会社三光不動産 株式会社傍楽会 株式会社藤工業 など |
| 導入社数 | 要問い合わせ |
7.レコル／中央システム株式会社
勤怠管理システムの「レコル」｜ひとり100円ではじめる勤怠管理
- 1人100円の業界最安級の料金体系。ランニングコストを最小化。
- 誰でも使いこなせるシンプルな操作画面。導入時の教育を削減。
- 30日間の全機能無料トライアル。自社の運用に合うか事前検証。
| 初期費用 | 0円 |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 1人：100円/月 |
| 無料トライアル | ○※30日 |
| 主な機能 | 勤怠管理、有休管理、シフト、申請など |
| 給与システムAPI連携 | SmartHR・freee人事労務・MFクラウド給与など主要ソフト連携 |
| シフト・有休管理 | 有休管理、シフト作成機能 |
| 導入企業 | 株式会社コスモデザイン カネイシホールディングス株式会社 株式会社ガーデンはなのみ など |
| 導入社数 | 5,000社以上 |
8.e-就業OasiS／株式会社ニッポンダイナミックシステムズ
- 工数管理機能が充実しており、プロジェクトごとの原価を管理。
- 変則勤務や独自の休暇制度に対し、中堅・中小向けに柔軟設定。
- 長年の実績に基づいた安定のシステム基盤。大規模集計も迅速。
| 初期費用 | 要問い合わせ |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金：要問い合わせ |
| 無料トライアル | 要問い合わせ |
| 主な機能 | 勤怠集計、休暇、工数、シフトなど |
| 給与システムAPI連携 | 主要ソフトとの連携実績あり |
| シフト・有休管理 | 有休自動付与、シフト管理 |
| 導入企業 | 株式会社柴田書店 八洲興業株式会社 株式会社 脱炭素化支援機構 など |
| 導入社数 | 要問い合わせ |
9.freee勤怠管理Plus／フリー株式会社
- 自社人事労務ソフトとの強力な統合。給与計算まで一貫して完結。
- スマホからのシフト提出やAI自動作成で、管理者の工数を削減。
- LINE WORKS等の外部連携が豊富。多様な働き方に対応可能。
| 初期費用 | 要問い合わせ |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 1人：300円/月 |
| 無料トライアル | ○ |
| 主な機能 | 残業可視化、法改正自動アップデートなど |
| 給与システムAPI連携 | freee人事労務と直接連携 |
| シフト・有休管理 | スマホシフト提出、休暇クラウド管理 |
| 導入企業 | 株式会社Goodpatch 株式会社ロコガイド 株式会社イーエムネットジャパン など |
| 導入社数 | 要問い合わせ |
10.楽楽勤怠／株式会社ラクス
勤怠管理システム「楽楽勤怠」【公式】｜ラクスのクラウドサービス累計導入95,000社
- 専任サポートチームによる支援が手厚く、初めての導入も安心。
- 有休の自動付与・残数管理が正確。年5日の取得義務化に対応。
- IT導入補助金を活用した導入。長期的な投資対効果が非常に高い。
| 初期費用 | 要問い合わせ |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金：30,000円/月〜 ※ユーザー数に応じ変動 |
| 無料トライアル | ×※資料請求・デモ案内は可 |
| 主な機能 | 申請承認、休暇、残業、工数、シフトなど |
| 給与システムAPI連携 | 弥生給与、給与奉行、PCA給与DX、人事労務ソフトfreee など |
| シフト・有休管理 | 有休自動付与・残数管理が可能 |
| 導入企業 | 株式会社今井建設工業所 医療法人緑樹会 タウンサービス株式会社 など |
| 導入社数 | 95,000社以上（グループ累計） |
11.kincone／株式会社ソウルウェア
キンコン｜勤怠管理と交通費精算にかかる“見えないコスト”を大幅に削減
- 交通費精算と勤怠管理を同時。従業員の申請負担を大幅に軽減。
- ICカードをかざすだけで電車の利用履歴を読み取り、自動精算。
- カレンダーアプリと連携。外出先での勤務時間を自動で反映。
| 初期費用 | 要問い合わせ |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 1人：220円/月 |
| 無料トライアル | ○ |
| 主な機能 | 交通費精算連携、カレンダー連携など |
| 給与システムAPI連携 | 要問い合わせ |
| シフト・有休管理 | 有給休暇管理機能あり |
| 導入企業 | 有限会社 亀井工業 大鎌電気株式会社 株式会社ティーズブレイン など |
| 導入社数 | 要問い合わせ |
12.rakumoキンタイ／rakumo 株式会社
Google Workspace を拡張する「rakumo キンタイ」 ｜ 働きやすさをサポートする勤怠管理システム
- Google Workspaceと親和性が高く、カレンダー連携が可能。
- 洗練されたUIデザイン。毎日の打刻や申請がストレスなく進む。
- 有給休暇の取得状況をグラフで可視化。取得漏れを未然に防止。
| 初期費用 | 要問い合わせ |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 1人：300円/月 |
| 無料トライアル | ○ |
| 主な機能 | 有給管理、工数管理など |
| 給与システムAPI連携 | rakumo給与などと連携可能 |
| シフト・有休管理 | 有給休暇管理機能あり |
| 導入企業 | 株式会社MIXI 株式会社クラウドワークス モバイル・インターネットキャピタル株式会社 など |
| 導入社数 | 要問い合わせ |
13.スマレジ・タイムカード／株式会社 スマレジ
- 店舗管理に特化した機能が豊富。複数拠点の稼働をリアルタイム管理。
- 給与計算機能まで標準搭載。小規模店舗なら事務作業がこれ一冊。
- 17万件超の登録実績に裏打ちされた、小売・飲食向け最適機能。
| 初期費用 | 0円 |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 1人：0円〜1,210円/月 ※プランにより変動 |
| 無料トライアル | ○ |
| 主な機能 | 給与連携、シフト管理、休暇管理など |
| 給与システムAPI連携 | 要問い合わせ |
| シフト・有休管理 | 有給・シフト管理に対応 |
| 導入企業 | 株式会社ネコリパブリック 有限会社TKオーガナイズ 株式会社GA など |
| 導入社数 | 173,000社以上（登録事業所数） |
14.Universal 勤次郎／勤次郎株式会社
Universal 勤次郎 – 勤怠管理・健康管理システム – Universal 勤次郎
- 健康経営支援機能を搭載。従業員のメンタルや健康状態も管理。
- ストレスチェックや残業予測アラート。ワークライフ向上を支援。
- 大規模組織に耐えうる高度な集計エンジン。柔軟なカスタマイズ。
| 初期費用 | 要問い合わせ |
|---|---|
| 料金プラン | 要問い合わせ |
| 無料トライアル | ○ |
| 主な機能 | 健康経営支援、WLB支援など |
| 給与システムAPI連携 | 主要な給与ソフトと連携可能 |
| シフト・有休管理 | 要問い合わせ |
| 導入企業 | 東洋ガラス機械株式会社 医療法人社団弘人会 中田病院 株式会社キユーソーエルプラン など |
| 導入社数 | シリーズ累計5,000社以上 |
15.KING OF TIME 人事労務／株式会社ヒューマンテクノロジーズ
クラウド人事管理システム「KING OF TIME 人事労務」
- 従業員の入社から退職までのデータを、一元的にクラウド管理。
- 人事労務全般の業務をデジタル化し、ペーパーレス環境を実現。
- 法改正に合わせた労務書類の自動生成。コンプライアンスを支援。
| 初期費用 | 0円 |
|---|---|
| 料金プラン | ■基本料金 1人300円/月 |
| 無料トライアル | ○ |
| 主な機能 | 従業員データ一元管理、システム連携など |
| 給与システムAPI連携 | 勤怠・給与連携しデータ一元管理 |
| シフト・有休管理 | 要問い合わせ |
| 導入企業 | 株式会社テクノクリエイティブ 株式会社トッパンメディアプリンティング北海道 ユナイテッド・シネマ株式会社 など |
| 導入社数 | 67,000社以上 |
その他おすすめの中小企業向けの勤怠管理システム16選
Chatwork 勤怠管理／株式会社kubell
TeamSpirit勤怠／株式会社チームスピリット
オツトメ！／ネクストライブ株式会社
バクラク勤怠／株式会社LayerX
Teasy／Fullon株式会社
タブレット タイムレコーダー／株式会社ネオレックス
フリーウェイタイムレコーダー／株式会社フリーウェイジャパン
アテンリー／フューチャー･アンティークス株式会社
タッチオンタイム／株式会社デジジャパン
Kiroku／株式会社かなめ
キンクラ／ＣＬＩＮＫＳ株式会社
弥生給与 Next／弥生株式会社
皆伝！勤務管理／スミセイ情報システム株式会社
TimePro-VG／アマノ株式会社
タイム・ワークス／株式会社WorkVision
BizWork+／ニーズシェア株式会社
中小企業向けの勤怠管理システムの選び方のポイント3つ
中小企業向けの勤怠管理システムを選ぶ際には、いくつか着目すべきポイントがあります。
それぞれについて解説いたします。
自社の勤務・雇用形態に対応できるか
勤怠管理システムが自社の多様な勤務・雇用形態に対応できるかは、選定時の重要ポイントです。
特に、フレックス勤務やテレワーク勤務を導入している企業では、時間や場所を問わず打刻や休憩管理ができる機能が必要です。
また、従業員ごとに時短勤務やシフト勤務など異なる勤務形態がある場合、それらに柔軟に対応できるかも重要です。
全従業員の勤務形態に合わせて勤怠管理が可能であるシステムを選べば、管理負担を減らし、正確な勤怠データを保つことができます。
従業員・管理者にとって操作がしやすいか
勤怠管理システムは、従業員と管理者の双方が簡単に操作できることが理想です。
操作が複雑だと誤入力や問い合わせが増え、業務効率が低下する可能性があります。
特に中小企業ではシステム管理者が専任でいない場合も多いため、直感的で分かりやすいインターフェースや、ヘルプ機能が充実しているシステムが望ましいです。
操作性の高いシステムを選ぶことで、管理ミスを減らしスムーズに運用できます。
法改正があるたびにアップデート対応しているか
勤怠管理システムが法改正に合わせて自動アップデートされるかどうかは、法令遵守を確実にする上で非常に重要です。
例えば、2019年（中小企業は2020年）から導入された時間外労働の上限規制では、多くの勤怠管理システムが残業超過防止のアラート通知機能を搭載しました。
このように、法改正に迅速に対応して最新の基準を満たしているかを確認することで、安心してシステムを利用できるようになります。
法改正の度に手動で対応する必要がないシステムは、業務効率とコンプライアンスの両立に貢献します。
まとめ
本記事では中小企業におすすめの勤怠管理システムと選び方のポイントを紹介しました。
勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時間や休暇、残業、休憩などの勤務状況を管理・記録するためのシステムです。
度々起こる法改正や、テレワークや時短などの勤務体系に対応するのに、手書き表やタイムカードでは限界があります。
とくに中小企業の場合はリソースが限られているため、業務効率化できる勤怠管理システムの導入が有効です。
本記事で紹介した情報をもとに、自社で導入する勤怠管理システムを選んでみてはいかがでしょうか。